Oftest utvikler pseudomembranøs kolitt seg under påvirkning av langvarig bruk av antibiotika som ampicillin, lincomycin, clindamycin, cefalosporiner, sjeldnere - penicillin, erytromycin, kloramfenikol, tetracyklin. Clostridium difficile er en sporedannende grampositiv anaerob stav som er i stand til å produsere to typer eksotoksiner: toksin A og toksin B. Det er fire hovedårsaker til pseudomembranøs kolitt assosiert med C. difficile.