Hvert primært lipoprotein er karakterisert ved tilstedeværelsen av et individuelt protein (apolipoprotein) som er iboende kun for det. Apolipoproteiner er betegnet med latinske bokstaver, og noen av dem representerer en familie av proteiner og er i tillegg betegnet med tall (for eksempel apo-A1, apo-A2, etc.).