Alloimmune, eller isoimmune, neutropeni av nyfødte forekommer i fosteret på grunn av den antigeniske inkompatibiliteten til neutrofile av fosteret og moren. Isoantistene av moren tilhører IgG-klassen, de trenger inn i placenta-barrieren og ødelegger barnets nøytrofiler. Isoantistoffer er vanligvis leukoagglutininer, de reagerer med cellene til pasienten og hans far, reagerer ikke med morens celler.