Menstruasjonssyklusen gjenspeiler aktiviteten av hypothalamus-hypofyse-eggstokk, som er vist strukturelle og funksjonelle forandringer i reproduksjonstraktus: uterus, eggledere, endometrium, vagina. Hver syklus avsluttes med menstrual blødning, den første dagen regnes som begynnelsen av syklusen.