Menstruasjonssyklusen gjenspeiler aktiviteten til hypothalamus-hypofyse-eggstokksystemet, som manifesterer seg i strukturelle og funksjonelle endringer i reproduksjonskanalen: livmor, eggleder, endometrium og skjede. Hver syklus avsluttes med menstruasjonsblødning, hvis første dag regnes som begynnelsen på syklusen.