Den forårsakende agensen av pest er en liten, polymorf, fast immobilisert stang Yersinia pestis av familien Enterobacteriaceae av slekten Yersinia. Har en slimete kapsel, danner ikke en spore. Fakultativ anaerob. Den er farget av bipolare anilinfarger (mer intensivt rundt kantene). Isoler rotte, jordmask, gopher, fly og sandy varianter av pest bakterier.