Det er viktig å bestemme årsaksmidlet for å bekrefte diagnosen pneumocystose. Den grunnleggende materiale for å studere - sputum, bronkial sekret, vasker som oppnås ved vasking av bronkiene eller bronkoalveolar vasking, lunge vevssnitt tatt av transbronchial, perkutan eller åpen biopsi. På grunn av pasientens alvorlige tilstand utføres disse manipulasjonene ikke for å unngå komplikasjoner.