Flåttbåren encefalitt er forårsaket av et flavivirus, overført av ixodid-flått, og tilfeller av smitte gjennom fersk melk er beskrevet. Etter en 10-dagers inkubasjonsperiode manifesterer den seg som katarr, feber, hodepine, leddsmerter og CNS-lesjoner (encefalitt - 30 %, hjernehinnebetennelse - 60 %, meningoencefalitt - 10 %). Vaksinasjon mot flåttbåren encefalitt i endemiske områder har ført til en reduksjon i forekomsten.