Det årsaksmessige stoffet til kryssbåret viral encefalitt tilhører slekten Flaviviruses. Virionen har en sfærisk form, en diameter på 40-50 nm, inneholder RNA, reproduserer godt i mange vevskulturer. Av laboratoriedyr, hvite mus, hamster, aper og bomullsrotter er mest utsatt for viruset. Sårbar for kryssbåren encefalittvirus og mange husdyr.