Bestemmelsen av antistoffer mot den mikrosomale fraksjonen av skjoldbruskkjertelen er brukt til å diagnostisere autoimmun tyroiditt og hypothyroidisme, hvor nivået av antistoffer i blodet stiger. Antistoffer mot skjoldbruskmikrosomer danner immunkomplekser på celleoverflaten, aktiverer komplement og cytotoksiske lymfocytter, som fører til celledestinasjon og dannelse av en inflammatorisk prosess i skjoldbruskkjertelen.